Kastelu on yksi bonsai-kasvien tärkeimmistä hoitotehtävistä. Kastelu näyttää yksinkertaiselta, mutta sitä ei ole helppo kastella kunnolla. Kastelu tulee suorittaa kasvilajin, vuodenaikojen muutosten, kasvukauden, kukinnan, lepoajan ja kasvin sääolosuhteiden mukaan. Kasteluajan ja -määrän hallitseminen on erittäin tärkeää kasvien kasvulle. Joidenkin bonsai-kasvien kuolema liittyy suoraan väärään kasteluun.

Sen lisäksi, että ruukkumulta toimittaa vettä ja ravinteita ruukkukasveille, se ylläpitää myös kasvien normaalia ilmanhengittämistä. Kun ruukkumaassa on riittävästi kosteutta, maapartikkelit laajenevat ja puristavat ilmaa hiukkasten välisistä rakoista, mikä aiheuttaa ilman puutetta ruukkumaassa; kun ruukkumulta on kuivaa tai suhteellisen kuivaa, maapartikkelit kutistuvat, tilavuus pienenee ja hiukkasten väliin tulee jälleen rakoja. Raot täytetään ilmalla.

Kun maa vaihtuu kuivan ja kostean välillä, ruukkumaassa oleva ilma kiertää myös jatkuvasti, jolloin kasvin juuret hengittävät normaalisti. Jokaisen kastelun jälkeen kasvin juuret sietävät ruukkumaan hapenpuutetta lyhyessä ajassa. Kuitenkin, jos ruukkumaa on liian märkä pitkään, mikä johtaa pitkäaikaiseen hapenpuutteeseen, se aiheuttaa juurieroosiota ja muita sairauksia; Jos maa on pitkään kuiva, vaikka ruukumaalla onkin riittävästi happea, kasvit eivät pysty ottamaan itseensä vettä pitkäksi aikaa, mikä on myös haitallista kasvien kasvulle ja voi jopa aiheuttaa niiden kuoleman. Siksi bonsai-kasveja kastettaessa tulee noudattaa periaatetta "älä kastele niitä, kun ne ovat kuivia, vaan kastele ne perusteellisesti".

Kasvien riittämätön kastelu ja kuivuminen aiheuttavat oksien kuihtumista ja roikkumista, ja lehdet kuihtuvat, kellastuvat ja putoavat. Havupuulajeissa neulat pehmenevät ja menettävät vahvan ja piikkuvan tunteensa. Kun vesipula on vakava, oksien aivokuori kutistuu kuin hanhennahka. Jos kohtaat tämän tilanteen kesällä, siirrä kasvi välittömästi varjoisaan paikkaan. Kun lämpötila laskee, suihkuta ensin vettä lehtiin, kaada sitten vähän vettä ruukkuun ja kaada vesi sitten perusteellisesti tunnin kuluttua.

Voimakkaasti kuivuneita kasveja ei saa kastella tarpeeksi kerralla, sillä kun kasvi kuivuu voimakkaasti, juurikuori on kutistunut ja on lähellä ksylemiä. Jos yhtäkkiä syötetään suuri määrä vettä, juurijärjestelmä laajenee veden nopean imeytymisen vuoksi, mikä aiheuttaa aivokuoren repeämisen, mikä johtaa kasvin kuolemiseen, joten asteittainen sopeutumisprosessi on suoritettava. Sen jälkeen kun kasveille, joilla on vakava vesipula, on tehty yllä oleva käsittely, on parasta säilyttää niitä varjossa muutaman päivän ajan ja viljellä niitä sitten auringossa, kun ne ovat vahvoja. Älä kuitenkaan kastele liikaa. Sen lisäksi, että liiallinen kastelu saa kasveja kasvamaan jyrkästi ja vaikuttaa puun muotoon ja koristearvoon, se voi myös helposti aiheuttaa juurimätä ja kuoleman. Minibonsai-ruukut vaativat vähemmän multaa, joten on erityisen tärkeää kastella niitä oikeaan aikaan ja oikea määrä.